Als der Trierer Dombaumeister Reinhold Wirtz im Frühjahr 1898 im Sterben lag, wurde Schmitz auf Bitten des dortigen Domkapitels an die Nachbardiözese ausgeliehen, um in Trier kommissarisch die Amtsgeschäfte des erkrankten Dombaumeisters weiterzuführen. Es ging hier hauptsächlich um den reibungslosen Abschluß der Sanierung des Domäußeren.

Nach R. Wirtz’ Tod ernannte das Trierer Domkapitel Schmitz am 8. 6. 1898 zu dessen Amtsnachfolger. Die Berufung war freilich an Bedingungen geknüpft. R. Wirtz hatte einen Sohn, Julius, der Architektur studierte. Dieser konnte das Studium nach dem Tode seines Vaters nicht fortsetzen. Und da R. Wirtz neben dem Dombaumeisteramt ein florierendes Architekturbüro betrieben hatte, das auf Sakralbau spezialisiert war, wollte das Domkapitel sicherstellen, dass alle laufenden Kirchbauprojekte des besagten Ateliers fachkundig zu Ende geführt wurden. Schmitz sollte deshalb neben dem Dombaumeisteramt als Kompagnon in das Wirtz’sche Atelier eintreten, um den noch unerfahrenen J. Wirtz bei der Fortführung des väterlichen Architekturbüros zu unterstützen.

Als sich der preußische Staatskonservator Persius im Rahmen eines Ortstermins äußerte, er habe –ungeachtet der Frage, was mit der alten Orgel geschehe- gegen einen Orgelneubau auf der Domschatzkammer nichts einzuwenden, handelte das Domkapitel. Ohne Genehmigung ließ man das klassizistische Instrument entfernen und beauftragte die Echterdinger Fa. Weigle mit den Planungen zum Bau einer neuen Domorgel.

Diese riet zur Aufstellung von zwei separaten, elektro-pneumatisch betriebenen Werken, die unter den beiden westlichen Chorarkaden Platz finden sollten. Für die Epistelseite hatte man eine 39 Register umfassende Normal- und für die Evangelienseite eine 16 Register umfassende Hochdruckorgel projektiert. W. Schmitz war gemäß Kapitelsbeschluß für die ‚stilgemäße’, d. h. neoromanische, Gestaltung der Prospekte verantwortlich. Kein leichtes Unterfangen, da aus der Romanik keine Orgelanlagen überliefert sind. Er entschloß sich deshalb, die Gehäuse im Geiste romanischer Holzarchitekturen auszuführen. Schmitz kombinierte bei seinen Entwürfen kurzerhand das Gliederungsschema mittelalterlicher Flügelaltäre, mit dem romanischer Reliquienschreine. Anschließend wurden die Gehäuseentwürfe farblich auf die neuen Chorböden und den Choranstrich abgestimmt.

Wegen der Intervention des Kultusministeriums gegen den widerrechtlichen Abbruch der klassizistischen Orgelanlage, stilistischer Bedenken der rheinischen Denkmalpflege und dem Konkurs der Fa. Weigle, zog sich die Realisierung der Pläne über Jahre hinweg. Erst 1908 konnte das Orgelprojekt von der Bonner Fa. Klais abgeschlossen werden.